Le prime notizie della chiesa S.Maria risalgono al 1543 quando il parroco ad Origgio Andrea Bonsignore, nel testamento del 24 gennaio 1543, rogato dal notaio Giacomo Molteni, lasciava un legato di una messa da celebrarsi nella chiesa di S. Maria in tutti i giorni festivi (si ricordi che allora la chiesa parrocchiale era S.Giorgio) da un cappellano a cui si dovevano pagare trenta lire all’anno.
In quell’anno ci fu la Visita Pastorale, tuttavia non giunse  S.Carlo, divenuto vescovo a Milano nell’aprile 1566, ma dei suoi delegati in data 1 novembre 1566. La loro relazione ci dà fonti sulla chiesa S. Maria.

In mezzo al paese si stava fabbricando una chiesa dedicata alla Madonna Assunta.  Doveva essere ad una sola navata, con un unico altare: sul tetto della chiesa era stata posta una campanella, ma il campanile non c'era ancora.  C'era il posto per quattro porte, ma le porte mancavano ancora, e sul pavimento giacevano tre travi che dovevano servire per il completamente dell'edificio.  Non c'erano redditi, ma in questa chiesa già si celebrava e si seppellivano i morti.

La chiesa veniva costruita ex elemosinis.  Su questo punto c'era però una questione, perché correva voce insistente che un signore, e precisamente Filippo Castiglioni di Origgio, aveva fatto testamento orale in presenza del prete Gerolamo Lupo - parroco di S. Maurilio in Milano e suo confessore - con cui obbligava Giovanni Battista Bernasconi suo genero ed erede universale a completare in bonam et decentem lormam la detta chiesa.  Quando il detto Filippo Castiglioni si confessò per l'ultima volta fece chiamare davanti al suo confessore Lupo il genero Bernasconi, ingiungendogli di eseguire ciò che egli aveva prescritto: e il Bernasconi aveva fatto quindi promessa formale.

C'era poi un'altra chiesa assai bella e nuova, dedicata essa pure a S. Maria, in mezzo alla campagna, con la cappella dell'altare fornita di volta dipinta, piuttosto bassa (humilis), con un solo altare, senza pavimento, col tetto e con tre porte aperte.  Non aveva redditi, ma servitù ed obblighi.

Origgio aveva pure una quarta chiesa, in aperta campagna (extra oppidum), dedicata a S. Eustorgio, con la cappella dell'altar maggiore avente la volta; la chiesa era decorata di pitture antiche.  In questa chiesa, il cui pavimento era antico e rotto, si celebrava la messa ogni prima domenica del mese.  Dietro questa chiesa bassa, senza soffitto ed indecorosa, stava la sagrestia, e c'era pure un cimitero, però non recintato, con la tomba della famiglia Forsani.

I visitatori arcivescovili, vedendo che ad Origgio c'era abbondanza di chiese (attenta multitudine ecclesiarum), decisero che quest'ultima dovesse essere distrutta e che col materiale ricavato si dovessero riparare le altre chiese.  Ma si fece avanti una devota affezionata a questa chiesetta, la Magnifica Domina Elisabetta, moglie del Magnifico Signor Diomede Castiglioni, la quale promise ai reverendi visitatori di provvedere i paramenti, di fare il soffitto, tinteggiare le pareti, allargare l'altare e riparare il pavimento a sue spese (suis sumptibus) entro il giugno dell'anno seguente.

Gli ordini dati dai visitatori sono facili da indovinare: si doveva fare un soffitto di legno alla chiesa, non vi dovevano più essere seppelliti i morti, e il sepolcro doveva essere chiuso da una pietra decorosa.  Così infatti venne eseguito.

Sull'altar maggiore si doveva porre un tabernacolo di legno dorato, da potersi chiudere a chiave, e decorato all'interno.  Questa prescrizione non deve suscitare meraviglia, perché fino a quell'epoca in tutte le chiese il Santissimo Sacramento non era conservato sull'altar maggiore; quest'uso si diffuse solo dopo la prescrizione del Concilio di Trento.  Anche questo ordine fu presto eseguito.

Si doveva poi provvedere una pisside d'argento, dorata internamente per conservarvi l'Eucaristia: anche questo fu eseguito.

La relazione prosegue parlando del parroco, che  era inquisito per gioco e donne.
Riprendendo successivamente affermando che nella chiesa dell'Assunta, che era ancora in costruzione, fu proibito celebrare la messa e, finché non fosse stata consacrata, doveva

essere tenuta chiusa.

Per la chiesetta campestre di S. Maria veniva imposta la chiusura, e proibita la celebrazione della messa.

Si torna quindi ad insistere per la riparazione di S. Eustorgio, oppure per la sua distruzione, adoperando il risultante materiale per la costruendo chiesa dell'Assunta.

Gli ordini furono quasi tutti eseguiti, l'arcivescovo faceva controllare l'esecuzione dei suoi decreti, perché di grida spagnole non eseguite ce n'erano fin troppe.

    Finora nessun documento ci ha detto la fine incontrata dalla chiesa di S. Siro.